ในระยะเริ่มแรกตั้งแต่ปี พ.ศ. 2542-2553 นั้น อาคารกีฬาและพื้นที่สนามกีฬา อยู่ในความดูแลของส่วนพัฒนานักศึกษา ต่อมาได้มีคำสั่งมหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ที่ 0209/2553 ให้ส่วนอาคารสถานที่เป็นหน่วยงานที่รับผิดชอบการบริหารจัดการอาคารกีฬาและพื้นที่สนามกีฬาโดยรอบ ตั้งแต่วันที่ 5 มีนาคม พ.ศ. 2553  จนกระทั่งปี พ.ศ.2555 สระว่ายน้ำได้ก่อสร้างเสร็จ และเปิดเพื่อรองรับการเรียนการสอนของสำนักวิชาวิทยาศาสตร์สุขภาพในช่วงเดือนพฤศจิกายน 2555 และเริ่มเปิดให้บริการแก่นักศึกษา บุคลากร และบุคคลภายนอก ในเดือน มีนาคม 2556 เป็นต้นมา จึงได้มีการประชุมหารือ เรื่องการบริหารจัดการสระว่ายน้ำ และอธิการบดี (รองศาสตราจารย์ ดร.วันชัย ศิริชนะ) มีดำริว่า มหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงในปัจจุบันนี้ มีพื้นที่สนามและอาคารที่เกี่ยวข้องกับกีฬาอยู่หลายสนามและหลายอาคาร เห็นควรที่จะรวมพื้นที่สนามและอาคารกีฬาเหล่านั้น ทั้งด้านการบริหารและการบริการให้มีความเป็นเอกภาพ จึงมีแนวความคิดที่จะจัดตั้งเป็น "ศูนย์กีฬามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง" ขึ้น และได้มอบหมายให้ที่ปรึกษาอธิการบดีด้านอาคารสถานที่ (นายสิน พวงสุวรรณ) ดำเนินงานเพื่อการจัดตั้งหน่วยงานดังกล่าว    หลังจากการประชุมสภามหาวิทยาลัย ครั้งที่ 6/2556 เมื่อวันที่ 18 กันยายน 2556 สภามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวง ได้มีมติให้จัดตั้งศูนย์กีฬามหาวิทยาลัยแม่ฟ้าหลวงขึ้น เพื่อสนับสนุนการเรียนการสอนของมหาวิทยาลัย และส่งเสริมสนับสนุนการเล่นกีฬา การออกกำลังกายเพื่อสุขภาพและสมรรถภาพของนักศึกษา บุคลากร และบุคคลทั่วไป โดยมีฐานะเป็นส่วนงานหนึ่งในสำนักงานวิชาการ โดยประกาศแบ่งส่วนงาน เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม 2556